Homoloogia modelleerimine annab sihtvalgu kolmemõõtmelise struktuuri, mis põhineb matriitsi ja sihtmärkjärjestuste sarnasusel ning see meetod osutub tõhusaks, kui on vaja uurida membraanivalke, mis on raske kristalliseerida nagu GPCR, kuna see annab parema arusaamise …
Mis on homoloogia modelleerimine ja miks seda vaja on?
1.2.
Homoloogia modelleerimine on kõige täpsem arvutusmeetod usaldusväärsete struktuurimudelite loomiseks ja seda kasutatakse tavaliselt paljudes bioloogilistes rakendustes. Homoloogia modelleerimine ennustab päringuvalgu 3D-struktuuri matriitvalkude järjestuste joondamise kaudu.
Mis on homoloogia modelleerimise põhimõte?
Homoloogia modelleerimist tuntakse ka kui võrdlevat modelleerimist, mis ennustab valkude struktuure, mis põhinevad järjestuse homoloogial teadaolevate struktuuridega. See põhineb põhimõttel, et " kui kahel valgul on piisav alt suur järjestuste sarnasus, on neil tõenäoliselt väga sarnased kolmemõõtmelised struktuurid. "
Mis on hea homoloogia modelleerimine?
Kui määratleme "väga eduka homoloogia mudeli" sellisena, mille empiirilisest struktuurist on <=2 Å rmsd, siis peab mallil olema edu saavutamiseks sihtmärgiga järjestuse identsus >=60%. määr >70% Isegi kõrge järjestuse identiteedi korral (60%-95%) on koguni ühel kümnest homoloogiamudelist rmsd >5 Å vs.
Milline järgmistest kehtib homoloogia modelleerimise kohta?
Selgitus: Nagu nimigi viitab, ennustab homoloogia modelleerimine valkude struktuure, mis põhinevad järjestuse homoloogial teadaolevate struktuuridega Homoloogia modelleerimine loob kõigi aatomite mudeli, mis põhineb matriitsvalkudega joondamisel.… Joondamisetapis tehtud vigu ei saa järgmiste modelleerimisetappidega parandada.
